Природные особенности региона ограничивают и до предела сужают биологический потенциал сообществ полезных растений. С развитием государственных и частных предприятий, работающих на растительном сырье, антропогенная нагрузка на естественные сообщества резко увеличилась, в результате чего снижается их хозяйственная продуктивность.
Среди позвоночных животных особой охране подлежит 101 вид. Все они внесены в Красную книгу Туркменистана (1999). Каждый 7-й вид позвоночных – краснокнижный. Из 216 видов позвоночных (без амфибий), занесенных в Красную книгу СССР (1984г.), в Туркменистане встречаются 78.